Es ist richtig, dass bei einem Reparaturstopp zuerst die Reparatur ausgeführt wird und wenn diese fertig ist erfolgt der im gleichen Schritt hinterlegte Be-/Entlade-/Kauf- oder Verkaufvorgang.
Ich umgehe Versorgungsengpässe durch Reparaturen indem ich in meinen Routen die Be- und Entladevorgänge trenne:
... Route läuft im Zielhafen ein
Stopp 1 - entladen
Stopp 2 - neu beladen und reparieren
Somit bekommt die Zielstadt ihre Waren und die Reparatur verzögert maximal die mitnahme der produzierten Güter.
Du kannst aber auch folgendes versuchen:
Stopp 1 - entladen
Stopp 2 - verkauf 1 Fass Salz zu 10.000

+ Reparatur (das Fass Salz muss sich dann allerdings immer auf dem Schiff befinden und darf nicht im vorherigen Schritt entladen werden)
Hoffe das hilft dir etwas weiter.
Da war doch wieder einer schneller